سید مظفر یکی از فرزندان امام موسی بن جعفر (علیه السلام) است که در سال 402 هجری قمری در بندرعباس به وفات رسید و در همان جا دفن شد.
ساختمان این زیارتگاه یک گنبد کاشی کاری شده دارد و باعث شده که بر میزان حالت معنوی این ساختمان اضافه شود و ساختمان را زیبا و جذاب و دل چسپ کند. یکی از بزرگترین نقاط مذهبی موجود در بندر عباس بارگاه مطهر امامزاده سید مظفر می باشد.
یکی از خصوصیاتی که باعث جذب شدن افراد به این بنا می شود معماری خاص آن است. در سال ۱۳۰۵ شمسی بر اساس شرایط موجود و برای تعمیرات، تغییرات بسیار زیادی در آن به وجود آوردند و چهار مناره همراه با کاشی کاری های بسیار نفیس، زیبایی خیره کننده ای به آن بخشید. گنبدی با چهار مناره میناکاری شده، فضای جالب و زیبایی را برای زائران و دوستداران معماری ایرانی بوجود آورده است.
اهل سنت بندرعباس بر این باور هستند سید مظفر از سادات اهل سنت و اصالت او به گوده بر می گردد که به سبب رفت و آمد اهل سنت بر سر مقبره محقر او بعدها تصمیم گرفته شد آن را به امامزاده تبدیل کنند و بنای آن را بازسازی کنند تا مکانی جهت مراجعات مردم معتقد بندرعباس و اطراف آن باشد، شیعیان معتقدند که امامزاده سید مظفر از نوادگان امام موسی ابن جعفر (علیه السلام) میباشد که از سال های دور مورد توجه عموم مردم، خصوصاً مردم استان هرمزگان بوده و هر ساله در حال پذیرش بسیاری از زائرین از راه های دور و نزدیک است.
این امامزاده در حاشیه شمالی بلوار امام خمینی، روبروی بلوار شهید چمران شهر بندرعباس واقع شده است.